广西凭祥综合保税区2008年12月19日经国务院批准设立，是全国获批的第四家综合保税区，是全国第一个在陆路边境线上设立的综合保税区。2011年6月18日，一期1.01平方公里（1515亩）通过国务院联合验收组验收，2011年9月30日正式封关运营；二期1.4平方公里（2100亩）正在加快建设。

2019年8月，国务院批准设立中国（广西）自由贸易试验区（含崇左片区）。中国（广西）自由贸易试验区崇左片区管委会于2020年6月挂牌，与广西凭祥综合保税区管委会合署办公，实行一套人马，两块牌子。

凭祥综合保税区依托广西凭祥市友谊关口岸而建，实现与越南互连互通。封关运营以来，园区凭借“面向东盟、贴边发展”之便利，充分发挥国内国外两个市场和两种资源的优势，坚持“扩容提量、改革创新、跨境合作”发展方向，重点发展国际贸易、保税物流、加工贸易等口岸经济业务，实现区市互利共赢，形成了独具特色的产业发展格局。

凭祥综合保税区积极打造综保区—越南海防港、综保区—越南河内—胡志明、综保区—越南谅山—老挝沙湾拿吉—泰国穆达汉—马来西亚黑木山等3条黄金物流线路。同时，主动融入和服务“一带一路”倡议，拓展连接苏满欧、渝新欧、郑新欧到达欧洲的保税物流线路，实现中南半岛经济走廊与丝绸之路经济带无缝对接。

广西凭祥综合保税区先后荣获2015年“广西首批示范物流园区”“广西壮族自治区加工贸易重点园区”、2017年“国家级示范物流园区”“广西首批现代服务业集聚区”等称号。2018年2月，被国家发改委、住建部评为全国第二批“国家级示范物流园区”，被中国物流采购联合会评为“全国优秀物流园区”。2019年被评为“优秀自治区现代服务业集聚示范区”。

自获批成立以来，广西凭祥综合保税区先后被纳入国家级凭祥边境经济合作区、中越凭祥—同登跨境经济合作区、广西沿边金融综合改革凭祥试验区、中国—东盟边境贸易凭祥检验检疫试验区、广西凭祥重点开发开放试验区、中国（广西）自由贸易试验区崇左片区、中国（崇左）跨境电商综合试验区核心范围，承接“一带一路”倡议、西部大开发、西部陆海新通道建设等一系列国家规划与任务。